La loi du 5 novembre 1790 sur l'administration des biens nationaux est à l'origine des séries G et H. Toute l'année 1791 a été nécessaire aux agents des districts de Lyon-Ville, Lyon-Campagne et Villefranche pour prendre en charge les archives du clergé. Depuis 1791, de nombreuses pertes sont survenues du fait d'échanges entre districts concernés et de destructions. De même, il n'était pas rare, dans les décennies qui ont suivi la Révolution, que des collectionneurs peu scrupuleux se servent dans les Archives publiques. Cependant, tout ne fut pas perdu et, sous le Second Empire, de nombreuses pièces isolées furent restituées par leurs détenteurs grâce au travail de l'archiviste départemental Jean-Prosper Gauthier. Ce dernier, ainsi que son successeur Marie Claude Guigue, se sont occupés du reclassement des pièces égarées et restituées afin de préparer un inventaire. Le fonds a été inventorié au XVIIIe siècle par le frère Joseph Janin ; la sous-série 13 H a été, par la suite, classée par René Lacour, conservateur en chef, et le répertoire numérique détaillé a été publié en 1970 avec l'ensemble de la série H.