La correspondance, peu abondante, a été classée en fonction de son contenu. Un premier examen a permis de mettre en évidence des lettres en rapport avec le fonctionnement et l'activité de la commission (budget, choix des documents à publier, distribution des ouvrages imprimés). Un dossier a donc été constitué qui rassemble ces documents classés dans un ordre chronologique. L'on y remarque plusieurs lettres autographes signées d'Alfred Maury, qui avait succédé au marquis de Laborde à la tête des Archives de l'Empire en 1868.

Les dossiers 2 à 5 sont consacrés aux sources et renferment des transcriptions d'originaux. À la différence des papiers du prince Napoléon (400AP/137-400AP/143), aucune pièce originale, datée du Premier Empire, n'est conservée dans les archives de Pierre Nicolas Rapetti. Les lettres, ordres, décisions et autres arrêtés ne sont que des copies.

Ont été classées dans un premier dossier (dossier 2), les lettres adressées à Pierre Nicolas Rapetti, relatives aux pièces originales conservées par des particuliers avec, selon les cas, les transcriptions ou extraits correspondants. Les documents sont présentés dans l'ordre alphabétique des correspondants et détenteurs.

Le dossiers 3 est composé de deux cent vingt-deux copies effectuées sur des feuillets volants. Aucune de ces lettres n'a été publiée par la commission. La majeure partie d'entre elles étant déjà classée dans l'ordre chronologique des originaux, il a été décidé de poursuivre ce classement. Pour mémoire, il faut signaler que ce classement était également celui des pièces non publiées conservées dans les archives du prince Napoléon précitées. Les copies sont, pour la plupart d'entre elles, certifiées conformes à l'original. Parmi les signatures apposées en gage d'authenticité, l'on remarque celles du général Aupick, d'Auguste Baillet, du comte Boulay de la Meurthe, d'H. Chasseriau, d'Adolphe Dupeuty, de G. Franceschi, de Prosper Mérimée, de Ladislas Mickiewicz, de Perron, chef de section au Ministère d'État, d'Augustin Thierry et, bien sûr, celle de Pierre Nicolas Rapetti. Il s'agit de transcriptions de pièces conservées dans des institutions publiques en France et à l'étranger (archives de l'Empire, dépôt de la guerre, bibliothèque impériale, ...) ou bien de pièces portées à la connaissance de membres de la commission par des particuliers comme la comtesse Andréossi, le Prince de Wagram, le marquis de La Tourrette, la duchesse de Leuchtenberg, le comte de Montesquiou-Fezensac ou Monsieur Charavay, pour ne citer que quelques uns d'entre eux.

Ces transcriptions ont été effectuées entre le mois de novembre 1854 et le mois de février 1869, c'est à dire qu'elles couvrent pratiquement la période d'activité de la commission de publication. Les raisons pour lesquelles ces lettres n'ont pas été publiées sont diverses. Les motifs invoqués sont souvent liés à leur manque d'intérêt qui se traduit par des mentions « peu d'intérêt », « pas d'intérêt », « sans intérêt », « sans importance ». Des pièces ont été écartées parce que leur authenticité était suspecte aux yeux des membres de la commission, d'autres ne correspondent pas à ce que souhaite montrer ou démontrer la commission comme « pas assez immédiat » (mention sur la copie d'une lettre du général Clarke au général Lefebvre, concernant des actes contre-révolutionnaires commis par les habitants de la commune de Pierrefitte (Eure-et-Loire), datée du 30 décembre 1799. La lettre en question avait été rédigée à la demande du Premier consul), d'autres enfin réunissent tous les critères de rejet « date inconnue, texte incertain, objet mal entrevu » (lettre dont la date est présumée être « janvier 1800 »). Des estampilles sont quelquefois apposée, portant les indications, « Correspondance de Napoléon Ier, archives de l'Empire, avec, au centre, la mention, « REJETE », une autre porte la décision « supprimée ».

Certaines pièces, au contraire, sont distinguées : « de l'intérêt » ou bien « curieux et important », et l'explication de leur non publication n'est pas toujours clairement indiquée.

Sur de nombreuses copies figure, à l'encre bleue, la mention « non publiée », suivie quelquefois de la mention « rejetée par l'ancienne commission ». De cette même écriture, à l'encre bleue toujours, des propositions : « me paraît à publier », éventuellement on y remarque des allusions à une publication supplémentaire, « supplément » ou « pour le supplément ». Ces remarques se doublent également de commentaires sur le contenu de la lettre, de corrections même. Ainsi, sur une lettre de Bonaparte au ministre des Relations extérieures datée du 24 brumaire an VIII « On ne saurait trop marquer l'intérêt de Napoléon pour l'armée d'Égypte dès le 24 brumaire ».

Les pièces originales transcrites ou analysées qui constituent le dossier 4 sont conservées à Milan, aux archives du gouvernement de la ville. Elles ont été recopiées les unes à la suite des autres ou résumées dans des tableaux. Ce travail effectué sur place par Adolphe Dupeuty a été adressé en cinq envois successifs. Leur présentation matérielle ne permettant pas une intégration chronologique, un dossier a été constitué à part.

Parmi les copies figurant dans les archives de Rapetti, se trouvent quatre lettres de l'impératrice Marie-Louise et une lettre de Pauline Borghèse à son frère. Il a semblé plus cohérent de distinguer ces cinq pièces dans un dossier particulier (dossier 5).

Un sixième dossier a été créé, formé d'un ensemble de 18 lettres adressées à Pierre Nicolas Rapetti par Heinrich Kurz, conservateur à la bibliothèque du canton d'Argovie à Aarau en Suisse. Cet historien est en relation avec Pierre Nicolas Rapetti car il souhaite publier une édition allemande de la.Correspondance

Enfin, des documents sans rapport aucun avec la commission de publication de la correspondance de Napoléon Ier ont été classés à part dans un septième dossier sous le titre évocateur de « Documents divers ». L'on notera toutefois dans ce dossier des notes rédigées par Rapetti se rapportant à la première campagne d'Italie.