Musée et laboratoire ont été intimement liés pendant près de 40 ans, comme le nom du musée durant cette période l'indique très bien : MNATP-CEF. Il était donc très difficile de distinguer dans ce contexte les archives relevant des activités du musée à proprement parler de celles du laboratoire. D'autant plus que certains personnels du CNRS ont ajouté, en plus de leur statut de techniciens, chercheurs, ou ingénieurs, le statut de « chargé de mission de la Direction des Musées de France ». Le parti pris a donc été de verser sous le titre du laboratoire, d'une part les documents qui reflètent les activités communes à tous les laboratoires (rapports d'activité et de recherche, conseils de laboratoire, gestion administrative) et d'autre part ceux qui permettent de comprendre l'évolution du musée et par là même celle du laboratoire ainsi que les réflexions engagées au moment de sa restructuration puis de sa délocalisation, mais aussi les relations entretenues entre les chercheurs du CNRS et les conservateurs et agents du musée.

Une partie des courriers du CEF peut se retrouver dans le minutier chronologique des courriers départ du musée (octobre 1968-décembre 2005), qui a fait l'objet d'un versement aux Archives Nationales en juillet 2012 (versement 20120190).