Les documents étaient classés aux Archives des musées nationaux soit par séries et sous-séries dites « anciennes cotes » établies par Gaëtan de Maussion vers 1858 ou par séries et sous-séries dites « nouvelles cotes » instaurées en 1970. L'organisation par séries et sous-séries a été maintenue ainsi que leurs intitulés.
Les séries dites « anciennes cotes » sont divisées en sous-séries dont l'organisation et les intitulés sont fixes. Les sous-séries sont numérotées généralement selon le cadre de classement ci-dessous :
-1 : Organisation, historique, inauguration
-2 : Administration générale
-2S : Sécurité, incendies
-3 : Inventaires et états divers (ce champ concerne les inventaires des collections ou des récolements partiels des collections)
-4 : Origines et échanges (ce champ concerne les mouvements des collections)
-5 : Propositions d'acquisitions non acceptées ou sans suite
-6 : Commandes et acquisitions
-7 : Dons et legs non acceptées ou non suivis d'effets
-8 : Dons et legs acceptés
-9 : Cadeaux demandés (ce champ concerne les demandes de dons d'œuvres adressées aux musées)
-10 : Dons par l'État
-11 : Concessions à titre de prêt
-11X : Prêts aux expositions
-12 : Mutations entre musées nationaux
-13 : Aliénations
-14 : Dépôts dans les musées non nationaux
-15 : Vols, pertes, restitutions et sorties diverses
-16 : Restaurations et réparations
-17 : Reproductions
-18 : Travail des artistes et copistes, cinéma, photographies
-19 : Inventions et projets (ce champ concerne les aménagements des espaces muséographiques)
-20 : Communications, articles de presse concernant un département ou un musée en particulier
-21 : Renseignements divers (ce champ renseigne les demandes d'informations sur les collections)
-22 : Matériel, dépenses diverses, nettoyage (ce champ concerne les dépenses de fonctionnement du musée)
-23 : Construction, architecture, eau, gaz, téléphone, mobilier, électricité, chauffage
-24 : Logements, aménagements
-25 : Entrées, ouvertures, concerts, spectacles, cérémonies
-30 : Dossiers d'artistes
Chaque article fait référence à son ancienne cote. Celle-ci comprend la lettre de la série et le numéro issu du plan de classement. Tous les champs du plan de classement n'ont pas été systématiquement utilisés.
De même, la description des articles n'est pas exhaustive car elle s'attache à décrire à la pièce ou au dossier en fonction de l'intérêt du document. Certains dossiers n'ont donc pas été décrits.
La série P se compose de 34 sous-séries :
- P 1 : organisation et historique
- P 2 : administration
- P 2C : élaboration des catalogues
- P 2E : échanges
- P 2S : mesures de sécurité
- P 2B : commandes, acquisitions et contrôle des copies
- P 2R : commission de restauration
- P 2R1a : composition, organisation, arrêtés
- P 2R1b : convocations
- P 2R1c : procès-verbaux
- P 2R2 : restaurations
- P 2R5: restaurations
- P 2R6 : restaurations
- P 2R30 : documents classés par restaurateurs
- P 3 : inventaires
- P 4 : origines et échanges
- P 5 : propositions d'acquisitions non acceptées ou sans suite
- P 6 : commandes et acquisitions
- P 7 : dons et legs non acceptés ou sans suite, dons et legs acceptés
- P 8 : dons et legs acceptés
- P 9 : demandes de dépôts, cadeaux, prêts
- P 10 : dépôts et dons d'oeuvres originales et de copies
- P 11 : mutations - dépôts, dons, prêts, échanges
- P 11X : prêts aux expositions
- P 12 : mutations entre musées nationaux, autres lieux et résidences
- P 14 : dépôts dans les musées non nationaux et autres lieux
- P 15 : vols, pertes, restitutions, sorties diverses, détériorations et vandalisme
- P 16 : restauration
- P 17 : reproduction (copies, gravures, photographies)
- P 18 : copistes
- P 19 : projets et inventions
- P 20 : identifications, attributions et expertises
- P 21 : affaires et renseignements divers
- P 22 : travaux, matériel, fournitures, dépenses diverses
- P 23 : constructions, aménagements, affectations de locaux
- P 24 : logements, aménagements, affectations de locaux
- P 25 : cérémonie, cinquantenaire de la mort de Cézanne
- P 26 : controverses à propos de « faux »
- P 27 : réclamations
- P 28 : recommandations
- P 30 : dossiers d'artistes