Commune associée avec Champlitte-et-le Prélot, Champlitte-la-Ville, Leffond, Montarlot-lès-Champlitte, Neuvelle-lès-Champlitte en 1972 et prend le nom de Champlitte.
Avant 1792, Margilley dépendait de la paroisse de Champlitte-la-Ville.
Sources complémentaires aux Archives Départementales de la Haute-Saône :
B 85 à 91, archives du bailliage de Champlitte concernant Margilley (1698-1790).
B 1426, restitution de terrains (1776).
B 1435, sentence concernant la perception de la dîme générale du vin (1779).
B 1647, jugement concernant les gages du recteur d'école (1763).
B 1917, rapports concernant les habitants de Margilley et les officiers municipaux de Champlitte (1745-1789).
B 9335, affaires forestières (1690-1791).
B 9557, affaires diverses concernant la communauté (1751-1787).
B 9700, répartition des assiettes et toisé des bâtiments (1785-1788).
C 12, intendance de Franche-Comté concernant Margilley (1687-1743).
C 61, alignement (1784-1790).
C 151, procès-verbal d'arpentage, réparations des fontaines, comptes (1761-1789).
E 710, 729, 747, 820, 943, titres de famille (1539-1775).
G 1, 2, 4 à 6, 8, 11, 18 à 20, chapître de Champlitte (1402-1744).
H 11, condamnation du fermier de Rougemont à contribuer aux charges de la communauté (1692).
H 1027, déclaration des biens possédés par les Ursulines de Gray sur le territoire de Margilley (XVII° siècle).
H 1052, constitutions de rentes au profit des Visitandines de Gray (1670).
1 j 151, procès au sujet d'une ferme (1812-1817).
368 L 66, 372 L 3, époque révolutionnaire.
3 O 346, travaux communaux (depuis 1823).