La première Université comtoise fut fondée à Gray par le Comte de Bourgogne Othon IV en 1287 («étude de clers», «studium générale»). En raison des troubles et du manque d'argent, elle n'eut pas d'existence effective.

L'Université de Dole fut autorisée et créée par une bulle de Martin V et des lettres patentes du duc Philippe le Bon, en 1423. Elle fut dotée par les Etats de la Province, la ville de Dole et les Comtes de Bourgogne. Elle suscita les rivalités des villes de Gray et de Besançon (V. plus loin). Ses statuts, analogues à ceux de l'Université de Paris, furent confirmés en 1432 par les Comtes; les privilèges (exempt. de charges et d'impôts, etc.) en 1483, 1531 et respectés par Louis XIV dans la capitulation de Dole, 1674.

La faculté de théologie fut érigée par une bulle de 1537; la chaire d'anatomie fut dotée par les archiducs en 1619. En 1570, le Roi, Comte de Bourgogne, interdit par lettres patentes aux Comtois d'aller étudier en dehors de la province, sauf à Rome.

L'Université comprenait 5 facultés: théologie depuis 1537; droit canon et droit civil, médecine, arts. Elle était administrée par un collège composé de: recteur, professeurs, procureurs, etc. Les étudiants, à l'origine, participaient à l'administration. Les distributeurs s'occupaient de la police, de la comptabilité, etc. D'illustres professeurs y enseignèrent (V. A. Beaune et J. d'Arbaumont, p. 187 et suivantes). Par lettres patentes (mai 1691), Louis XIV ordonna son transfert à Besançon, centre et capitale de la Province, fréquentée par beaucoup d'étrangers à laquelle, disait-il, nous voulons donner cette marque de satisfaction pour la fidélité qu'elle a témoignée et témoigne journellement à notre service.

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