Le fonds Réhabilitation de l'amphithéâtre de Verniquet du Muséum d'histoire naturelle contient les documents produits et reçus par l'Établissement public de maîtrise d'ouvrage des travaux culturels durant toutes les étapes de la réhabilitation de ce bâtiment. Classé monument historique le 24 mars 1993 en même temps que le Jardin des plantes dont il fait partie, l'amphithéâtre fut construit entre 1787 et 1788 par l'architecte français Edme Verniquet. En effet, le premier amphithéâtre d'anatomie de l'intendant Fagon est au bord de la ruine, et l'acquisition en 1787 de l'hôtel de Magny et de ses dépendances permet alors de disposer de l'espace nécessaire. L'amphithéâtre est donc construit et il représente une mise en œuvre des principes conceptuels de l'architecture dite « révolutionnaire ».
A la Révolution, Verniquet doit se retirer, mais les travaux d'amélioration continuent. Entre 1794 et 1795, Molinos et Legrand remodèlent l'amphithéâtre. L'ensemble de l'espace intérieur est libéré, la voûte et les gradins sont allongés et trois absidioles sont construites, pour la chimie, la botanique et l'anatomie. Le Grand amphithéâtre est alors entièrement dédié à la chimie. Malgré ces améliorations, le bâtiment présente toujours des défauts, notamment au niveau de l'acoustique, que les architectes cherchent à résorber tout au long du XIXe siècle. En 1835, l'architecte Charles Rohault de Fleury conserve le principe des courtines acoustiques mises en œuvre à la périphérie de la coupole, réduit la scène et rapproche la chaire du centre de la composition. Vers 1850, il met en place un projet d'agrandissement qui entraîne la suppression des absidioles. A partir de 1893, Ferdinand Dutert réalise les projets de Jules-Louis André, son prédécesseur, qui consistent en la création d'une nouvelle coupole plus basse avec des poteries acoustiques, le développement des tentures et la transformation de la hotte.
C'est à un architecte du XXe siècle, Henri Delage, que l'on doit l'amphithéâtre d'aujourd'hui. En effet, entre 1945 et 1963, il fait passer le nombre de salles de douze à dix, remet l'ancienne coupole en valeur, en réalise la corniche et les détails de l'oculus, inscrit la litanie des professeurs et restitue l'arc triomphale en staff avec ses caissons. De plus, il fait installer un chauffage à air pulsé dans les absidioles. Cependant, toutes ces modifications entraînent une inadéquation entre le bâtiment et son usage puisque la demie-coupole en plâtre et le chauffage posent des problèmes pour l'acoustique, ce qui pousse les professeurs à renoncer à y faire cours. Le manque d'entretien et l'évolution des normes de sécurité entraînent alors la fermeture du bâtiment en 1993.
En 1999, une convention de mandat de maîtrise d'ouvrage est signée entre l'Établissement public de maîtrise d'ouvrage des travaux culturels et le Muséum d'histoire naturelle, et une opération de réhabilitation de l'amphithéâtre est menée entre 2000 et 2003. Celle-ci prend alors en compte la destination du bâtiment, à savoir en faire un lieu de cours universitaires, de conférences et colloques internationaux, de projections vidéo et de petites manifestations musicales et théâtrales. Plusieurs aménagements sont alors réalisés, tels qu'entre autres, un traitement acoustique qui n'altère pas l'architecture et qui permet la conservation des décors d'origine, la création d'un sous-sol pour les locaux techniques et les sanitaires publics, la mise en place d'aménagements pour personnes à mobilité réduite, la restauration des façades ainsi que l'installation d'équipements audiovisuels adaptés.
Les documents contenus dans le fonds sont ceux produits et reçus par la cellule projet de l'ÉMOC qui a mené à bien cette opération de réhabilitation, de la signature de la convention de mandat de maîtrise d'ouvrage aux opérations de levées de réserve, en passant par les marchés et le suivi des travaux.