Le contrôle scientifique et technique de l'État sur les archives publiques est exercé par le service interministériel des Archives de France du ministère de la culture et de la communication pour toutes les autres administrations et services d'archives (code du patrimoine, art. R. 212-2)., à l'exception de ceux des ministères des armées et de l'Europe et des affaires étrangères (code du patrimoine, art. R. 212-6 et R. 212-5).

Ce contrôle est le moyen juridique dont l’État dispose pour garantir, au nom de l'intérêt général, la constitution d'un patrimoine informationnel national de qualité. Il couvre toute la chaîne archivistique comme l'indique l'article R. 212-3 du code du patrimoine : il « porte sur les conditions de gestion, de collecte, de sélection et d’élimination ainsi que sur le traitement, le classement, la conservation et la communication des archives ». Il prend de multiples formes (la liste suivante n'est pas exhaustive) :

• au niveau du pilotage interministériel ou ministériel avec la rédaction d'instructions interministérielles ou ministérielles de tri et de conservation des archives publiques, le contrôle des déplacements d'archives publiques à l'étranger, la validation de politiques nationales d'archivage.
• ou au niveau opérationnel avec la vérification des conditions de gestion des archives et l'établissement de règles les encadrant, la validation de procédures de gestion de l'information (tenue des dossiers, plans de classement, organisation des dossiers des serveurs d'une administration...), la validation d'un cahier des charges de dématérialisation ou de conception d'un système d'information ou d'un système d'archivage électronique, la validation des tableaux de gestion des archives...

Relève également du contrôle scientifique et technique de l'État l’accord préalable de l’administration des archives avant toute destruction de documents : chaque producteur d’archives publiques doit obtenir un visa d'élimination lui permettant de sécuriser la destruction. L’administration des archives garantit ainsi que les documents éliminés n’ont plus d'utilité administrative et ne présentent pas d'intérêt historique.

Ces contrôles peuvent se traduire par des inspections réalisées sur place ou des examens sur pièces par les personnes en charge du contrôle scientifique et technique.

Quand les archives n’ont plus d’intérêt administratif, elles font l’objet d’une évaluation et d’une sélection afin de ne conserver à titre définitif que celles qui ont un intérêt pour les générations futures. L’organisation de la collecte est fixée dans un cadre cohérent défini par le code du patrimoine :

• Les archives des services centraux de l'État (hors affaires étrangères et défense) et de ses établissements publics sont collectées par les Archives nationales (Paris-Pierrefitte-sur-Seine) ; notons qu'existent deux services d'Archives nationales spécialisés : les Archives nationales d'outre-mer, à Aix-en-Provence, et les Archives nationales du monde du travail, à Roubaix.
• Les 101 services d'archives départementales reçoivent les archives des services déconcentrés de l'État (préfectures, rectorats...), des tribunaux, des notaires, des services du département et des autres organismes publics locaux, à l'exception des communes, des groupements de communes et des régions, qui sont responsables de leurs archives. Les Archives départementales collectent également les archives des organismes locaux de droit privé chargés d'une mission de service public.
• Les services d'archives communales, intercommunales et régionales collectent les archives produites par leurs collectivités respectives. Ces collectivités peuvent également en confier la conservation aux Archives départementales, par dépôt. Ce dépôt est obligatoire, sauf dérogation, pour les archives anciennes des communes de moins de 2000 habitants.
• Les archives de l'ensemble des forces, services, établissements et organismes des armées sont versées aux services d’archives de la défense, celles de l'administration centrale, des postes diplomatiques et consulaires ainsi que des établissements placés sous l'autorité du ministre des affaires étrangères et du développement internation sont confiées aux services d'archives des affaires étrangères.