Au sein de l’administration centrale de chaque ministère, à l’exception des ministères des Armées et de l'Europe et des Affaires étrangères, sont implantées des missions des Archives avec à leur tête un agent de catégorie A du service interministériel des Archives de France, qui exerce le contrôle scientifique et technique sur les archives de l’administration centrale du ministère et des établissements publics nationaux qui en dépendent. Les ministères mettent à leur disposition du personnel, des locaux et des moyens de fonctionnement. Pour certaines administrations, la Mission est également chargée de la gestion des archives intermédiaires (préarchivage).

Leur activité est coordonnée par le bureau des missions, qui est chargé par ailleurs des relations avec les Archives nationales et du suivi continu ou ponctuel de certains producteurs (grands corps de l’État, établissements publics nationaux sous tutelles multiples, opérateurs nationaux).

C’est par leur intermédiaire que les archives définitives des organes centraux de l’État sont versées aux Archives nationales, site de Pierrefitte-sur-Seine.

Voir l'ensemble des missions des Archives dans les ministères sur l'annuaire en ligne.