La direction de l'Éducation surveillée du Ministère de la Justice crée en 1951 le Centre de formation et d'études de l'Éducation Surveillée (CFEES) qui a pour mission principale de former des éducateurs.

Par la suite le centre se développe autour de trois grands axes : la formation, la recherche et la documentation.

Officiellement, depuis le 13 mai 1958, il est doté d'un service de recherches : le Centre de formation et de recherches de l'Éducation surveillée (CFRES). En 1983, la réforme de la recherche au ministère de la Justice entraîne des modifications dans l'organisation du centre : le CFRES se subdivise en Centre de recherches interdisciplinaire de Vaucresson (CRIV), unité de recherche associée au CNRS qui fonctionne jusqu’en 1995, et en Centre de formation et d'études de l'Éducation surveillée (CFEES). Ce dernier continue à prendre en charge la formation continue et conserve un petit service d'études. Il devient en 1991 le Centre de formation et d'études de la Protection judiciaire de la jeunesse (CFEPJJ) puis le Centre national de formation et d'études de la protection judiciaire de la jeunesse (CNFEPJJ) en 1992. Depuis l'an 2000, le CNFEPJJ comprend à nouveau les départements de formation, de service d'études et de ressources pour la recherche justice (2RJ, créée en 1993).