Yves Marek naît en 1963 en Tunisie.

Diplômé de l'Institut d'études politiques de Paris en 1984, puis de l'École nationale d'administration en 1987 (promotion Fernand Braudel), il entre au ministère des Affaires étrangères, au sein de la direction des Nations-Unies. En février 1988, il est nommé à la Mission du Bicentenaire de la Révolution française comme directeur de cabinet d'Edgar Faure, qu'il a connu en Tunisie. Puis il assure en 1989 l'intérim de la direction du service des affaires francophones et, à ce titre et en tant qu'adjoint aux représentants personnels pour les sommets francophones du Président de la République, il participe à la préparation du sommet de la Francophonie qui se tient la même année à Dakar.

Il se spécialise alors dans les questions liées à la Francophonie, d'abord en tant que conseiller d'Alain Decaux, ministre délégué au ministre des Affaires étrangères, chargé de la Francophonie (mai 1989-mai 1991), puis en tant que conseiller de Jacques Toubon au ministère de la Culture et de la Francophonie (mai 1993-mai 1995). Il est alors le rédacteur de la loi du 4 août 1994 relative à l'emploi de la langue française (loi Toubon). Après avoir été directeur du cabinet de François Baroin, porte-parole du gouvernement d'Alain Juppé (de mai à novembre 1995), il retrouve les questions liées à la francophonie, aux industries culturelles et à l'exception culturelle auprès de Jacques Toubon, au ministère de la Justice (novembre 1995-mars 1996) : il est alors chargé d'une mission sur le droit français face au droit anglosaxon.

Conseiller de Bernard Pons pour le tourisme au ministère de l'Équipement, des Transports et du Tourisme de mars 1996 à mai 1997, il doit quitter ce poste à la suite des élections législatives. Il est alors Délégué Général de l'Association des amis du Président Chirac (1996-2002).

D'octobre 1998 à février 2008, il est conseiller culturel du Président du Sénat, Christian Poncelet. Il dirige alors le Musée du Luxembourg.

A partir d'avril 2005, il est vice-président du Centre national du patrimoine de la chanson, des variétés et des musiques actuelles, dont il devient le président en décembre 2014.

Entre 2008 et 2014, il est conseiller des Affaires étrangères hors-classe sans affectation et nommé en 2011 ambassadeur de France à Monaco. Depuis le mois de novembre 2014, il est ambassadeur, secrétaire général de la Commission nationale pour l'élimination des mines anti-personnel.

Il est l'auteur d'une biographie d'Edgar Faure (Edgar Faure:l'optimiste), d'un ouvrage sur les échecs dans l'art (Art, échecs et mat), d'un essai sur la politique culturelle de la France (Malraux, Lang et après?) et, en 2014, d'un ouvrage de synthèse sur la politique des langues (Le français :une passion nationale).