La nécessité d’une réorganisation du contrôle des comptes s’impose dès le début de la Révolution. Le 22 janvier 1790, l’Assemblée nationale constituante établit un comité de Liquidation chargé d’opérer la liquidation de la dette publique. Tous les ordonnateurs de dépenses sont tenus de remettre à ce comité un « état certifié véritable de toutes les dépenses arriérées dans leurs départements » (art. VII) ; symétriquement, les détenteurs de titres de créance sur l’État (fournisseurs et entrepreneurs) doivent les représenter (art. VIII). Le rôle du comité de Liquidation consiste donc d’abord dans la vérification des comptes qui lui sont présentés, avant d’en rendre compte à l’Assemblée. Pour ce faire, le garde des sceaux et la Chambre des comptes sont tenus de remettre au comité des états de toutes les créances devant être vérifiées, apurées et liquidées (décret du 17 juillet 1790). Bien que le comité ait l’exclusivité de la vérification des comptes arriérés, il n’en produit que des rapports et des délibérations ; l’effectivité de la liquidation d’une créance demeure soumise au jugement de l’Assemblée nationale et à un décret, général ou particulier, sanctionné par le Roi.

Ce système se trouve profondément modifié par l’établissement d’une direction générale de Liquidation, en décembre 1790, placée sous l’autorité d’un commissaire du Roi. Le mois suivant, l’Assemblée crée un comité central de Liquidation, chargé de rendre compte à la direction générale de toutes les créances et de l’arriéré de la dette publique. La majeure partie des attributions du comité de Liquidation lui ayant ainsi été retirées, son rôle se limite à celui d’une courroie de transmission entre la direction générale et l’Assemblée pour ce qui concerne les créances sur l’État reconnues légitimes. Le nouveau système présente l’avantage d’instaurer un équilibre entre les pouvoirs exécutif et législatif, cantonnant le comité de Liquidation dans le rôle de préparation du travail proprement législatif, rôle classique de tout comité de l’Assemblée nationale.

En dépit de la réduction de son champ de compétences, le comité de Liquidation est toutefois reconduit par l’Assemblée législative (décret du 13 octobre 1791), qui confirme sa fonction principale, à savoir : « recevoir et examiner les rapports du commissaire général de Liquidation et d’en rendre compte à l’Assemblée ». Par le même décret, le comité de Judicature est supprimé et ses attributions transférées au comité de Liquidation.

Sous la Convention nationale, le champ de compétence du comité de Liquidation est encore étendu, à la faveur d’un décret du 12 mai 1793 qui ordonne que « toutes les demandes en pensions seront renvoyées au comité de Liquidation ».

Bien que consolidé par ces nouvelles attributions, le comité est supprimé, de fait, par le décret du 7 fructidor an II sur l’organisation des comités de la Convention nationale, qui inclut la liquidation générale dans les compétences du comité des Finances. L’année suivante, le comité de Liquidation est rétabli comme comité à part entière, explicitement « séparé du comité général des Finances » (décret du 16 messidor an III) ; ses attributions comprennent, outre la liquidation de la dette publique, celle « des dettes de la ci-devant Liste civile et des émigrés » (décret du 29 messidor an III). Le comité est supprimé trois mois plus tard, ainsi que tous les comités de la Convention, au moment de l’installation du Directoire exécutif.