Même si la France a fait reconnaître ses droits sur le Tchad par les accords franco-allemands de 1894 et franco-britanniques de 1898 et 1899, l'occupation de ces territoires se heurte à une forte résistance. Sur le chemin du lac Tchad, plusieurs missions sont massacrées : mission Crampel en 1891, mission Cazemajou et Olive en 1898, mission Bretonnet en 1899. La résistance à la pénétration française est en effet très forte. Par ses conquêtes le chef Rabah s'est taillé un véritable empire autour du lac Tchad. Il a placé le Dar Kouti sous l'autorité de son allié, le sultan Mohammed el Senoussi. En 1897, il s'engage dans une guerre victorieuse jusqu'à la bataille de Kousseri (22 avril 1900) où il est tué. Son empire s'effondre alors et les Français prennent pied sur les bords du lac Tchad. Après le Baguirmi, passé sous protectorat français en 1895, la France s'installe dans une partie du Bornou. Le Tchad est constitué en 3ème territoire militaire. Cependant au nord, les chefs appartenant à la confrèrie sénoussite tiennent le Kanem et le Ouaddaï. Progressivement, de 1909 à 1916 le colonel Moll, tué à Abéché en 1909, et le colonel puis général Largeau s'emparent du Borkou, de l'Ennedi, du Tibesti et du Dar Kouti. Le Ouaddaï résiste jusqu'en 1924. Le 26 août 1922, le Tchad est érigé en colonie ; il intègre l'Afrique équatoriale française.En 1940, à l'initiative de son gouverneur Félix Eboué, le Tchad est la première colonie à se rallier au général de Gaulle et à la France libre. En 1946, le Tchad devient un territoire d'outre-mer avec représentation parlementaire et assemblée élue. Le 28 novembre 1958, le Tchad se proclame république autonome, membre de la Communauté, et le 11 août 1960 accède à l'indépendance.