L'histoire de l'île de Gorée se distingue de celle du Sénégal seulement pendant les cinq ans d'existence de la colonie de Gorée et dépendances (comptoirs des Rivières du Sud, de la Côte d'Or et du Gabon) instaurée par le décret du 1er novembre 1854. L'île, qui reçoit une administration indépendante, est alors destinée à devenir le pivot de toutes les opérations françaises sur la côte ouest de l'Afrique, grâce à l'aménagement de son port pour la marine marchande et militaire. Elle est déjà le siège de la division navale des côtes occidentales d'Afrique. Gorée constitue en effet un point stratégique primordial pour la surveillance de la côte africaine et le commerce avec les comptoirs qui y sont implantés depuis le XVIIème siècle.Le comptoir de Gorée est fondé en 1621 par les Hollandais. Les Français s'installent peu après dans la région grâce à la création en 1624 de la Compagnie du Sénégal et de Gambie par des marchands normands. Celle-ci devient en 1634 la Compagnie du Cap-Vert et obtient le monopole de la traite. Le comptoir de Saint-Louis voit le jour en 1659. En 1677, la France obtient Gorée qui sert ensuite de base pour la traite des esclaves. L'île passe sous domination anglaise à deux reprises, de 1758 à 1779, puis de 1809 à 1814. Après l'abolition de l'esclavage, la division navale française est chargée de réprimer la traite négrière et d'encourager le commerce de marchandises.L'exploration de la côte du golfe de Guinée en 1838 par Bouët et Broquant en révèle l'intérêt économique ; le développement et la protection du commerce deviennent alors une priorité, grâce à la création de comptoirs fortifiés également destinés à limiter la concurrence des Anglais. Trois emplacements sont choisis : Assinie et Grand-Bassam sur la Côte de l'Or (Côte d'Ivoire), et l'estuaire du Gabon, ce dernier devant également servir de point de relâche pour la division navale des côtes occidentales d'Afrique. Les trois forts sont construits en 1843. Le Fort d'Aumale est implanté sur la rive droite de l'estuaire du Gabon et une zone d'influence établie tout autour grâce à la signature de traités avec les chefs indigènes. A proximité, le village de Libreville voit le jour en 1849 pour accueillir des esclaves libérés et, l'année suivante, le Fort d'Aumale est abandonné à son profit grâce à sa position plus élevée et plus salubre. L'installation de maisons de commerce françaises est fortement encouragée, mais seule Régis frères, de Marseille y répond rapidement, étant déjà fixée à Ouidah depuis 1841. Les nouveaux débouchés pour les huiles de palme et de palmiste permettent enfin l'essor du commerce français à partir de 1852, pour une dizaine d'années. Assinie restera de faible importance, contrairement à Grand-Bassam et au Gabon. Le dernier comptoir construit est Dabou, en 1853, à la suite d'une insurrection généralisée dans la lagune d'Ébrié qui provoque la ruine de factoreries françaises. Le doublement des procédures induit par l'existence de deux administrations distinctes se révèle rapidement contraire au but fixé et le rattachement de Gorée au Sénégal est décidé en 1859, tout en lui laissant un budget séparé et un commandant particulier. Les dépendances forment alors une colonie distincte sous le nom d'Établissements français de la Côte d'Or et du Gabon, avec son chef-lieu au Gabon.