L'agence financière de bassin Adour-Garonne est créée par la loi sur l’eau du 16 décembre 1964, tout comme les cinq autres agences de la France métropolitaine ; elles sont accompagnées de la création comités de bassin, appelés «parlements de l’eau». Elle ouvre véritablement ses portes en 1968. Elle prend le nom d’agence de l’eau à partir de l’arrêté du 14 novembre 1991. Sa principale mission est de garantir la qualité et la quantité de l’eau dans un contexte de développement de la pollution des eaux et de changement climatique. Il s'agit d'un établissement public de l’État placé sous la tutelle du ministère chargé de l’Environnement et du ministère des Finances.Son périmètre d'action est le bassin hydrographique Adour-Garonne, dont les frontières sont définies par l'arrêté du 14 septembre 1966. Ce territoire, mal connu à l'ouverture de l'établissement, comprend une partie du littoral atlantique et la totalité des Pyrénées française. Son principal cours d'eau est la Garonne dont l'aménagement est une des préoccupations majeures de l'institution.Appliquant la politique nationale de l’eau, les missions et les moyens d’action de l’établissement évoluent avec la législation en la matière. Lors de sa création en 1964, l’agence financière de bassin Adour-Garonne est chargée de mettre en place des actions en faveur de la bonne gestion de l’eau et de participer à la réalisation de travaux de recherche. L'établissement prélève des redevances sur les personnes physiques ou morales, publiques ou privées, qui sont les auteurs d’une pollution de l’eau. Ces redevances servent ensuite au financement d’actions en faveur de la bonne qualité et de la préservation de la quantité de l'eau qui sont définies dans des programmes d’intervention renouvelés tous les cinq ans. À partir de la loi du 3 janvier 1992, l’agence de l’eau Adour-Garonne élabore et met en œuvre des outils de planification-clefs pour la gestion des bassins hydrographiques, notamment le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) valable six ans pour l’ensemble du bassin hydrographique, les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE) valables 5 ans à l'échelle de sous-bassins et les contrats de rivière. La loi du 30 décembre 2006 transpose en droit français la directive-cadre européenne du 23 octobre 2000, en inscrivant ses actions dans le cadre de la politique européenne de l’eau. A partir de 2016 avec la création de l’Agence française pour la biodiversité (AFB) qui intègre l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA), l'Agence de l'eau finance une partie de ses activités.