Les archives de la première Société de Panama (Compagnie universelle du canal interocéanique) et de la liquidation de cette Société, ont été données par M. Lemarquis (alors vice-président du Conseil d'administration de la Société générale), et déposées aux Archives nationales (Paris), le 3 octobre 1930.

Les papiers de la liquidation comprenaient une masse relativement considérable de documents qui ne pouvaient pas intéresser les historiens : tous les dossiers des obligataires et les registres d'enregistrement des obligations que M. Lemarquis confia à la Société des bons à lots. Quant aux papiers mêmes de la Compagnie universelle du Canal interocéanique de Panama, ils n'étaient pas arrivés aux mains de M. Lemarquis sans avoir subi de sérieuses amputations. Le 22 mars 1904, le Président du Tribunal civil de la Seine autorisait M. Cautron, agissant en qualité de liquidateur de la Compagnie universelle du Canal interocéanique de Panama, à détruire - outre les registres et dossiers du service des coupons et des titres - des documents intéressant l'histoire du canal tels que : les dossiers de décès survenus dans l'Isthme, 150 volumes d'enregistrement de la correspondance à l'arrivée et au départ, tous les cartons concernant le service des travaux pour l'achat de matériel, les dossiers du personnel de l'ancienne compagnie licencié en 1889 et 1894, etc.

Le 19 juin 1906, nouvelle autorisation donnée au même liquidateur pour la mise au pilon de registres, documents, pièces de recettes et de dépenses composant les archives de la Compagnie universelle du Canal interocéanique remontant à plus de 13 ans. De plus, par l'acte de cession des biens de la Compagnie nouvelle de Panama aux États-Unis (16 avril 1904) les plans et archives à Paris furent remis aux Américains. C'est ce qui explique pourquoi les papiers versés aux Archives nationales, si l'on excepte les rapports imprimés, contiennent si peu de documents techniques.
Quant aux archives mêmes de la Compagnie nouvelle du Canal de Panama, dont on trouvera de nombreuses copies de pièces dans les papiers versés par M. Lemarquis, celui-ci n'a pas pu savoir ce qu'elles étaient devenues.

À noter : en 2014, la Justice belge a restitué 16 documents volés dans les années 2000 au sein du fonds 7 AQ. Ils ont été réintégrés dans leurs cotes d’origine : 7 AQ 20 et 21.

Madame Annette Duloy, habitant à Lésigny (77), a fait don de 4 rapports présentés au Tribunal civil de la Seine pour la liquidation de la Compagnie universelle du Canal interocéanique de Panama (1890-1897) et d’une copie de l’annonce de la souscription de 1888. Ces documents appartenaient à son arrière-grand-oncle. M. Cravoisier, géomètre de formation, ayant travaillé à la Société Belmez (société houillère) à Paris. Mme Duloy a rapporté au moment de don que M. Carvoisier était "très curieux" et qu'il "amoncelait" de nombreux ouvrages et documents. Ces pièces ont été intégrées aux cotes déjà existantes 7 AQ 2 et 42.

Les Archives nationales achetèrent en juin 1992 cet ensemble. Ces documents ont appartenu à l’ingénieur Lucien N. Bonaparte Wyse, fils de Laetitia Bonaparte. Ce Lieutenant de marine fut le véritable entrepreneur chargé dès 1876 par la Société internationale du Canal océanique de Panama, qu’il avait contribué à créer, de procéder à des études de terrain. Il obtint en 1878 une concession de la Colombie qu’il rétrocéda à Ferdinand de Lesseps lors de la fondation de la Compagnie Universelle du canal interocéanique faisant appel à l’épargne privée en France. Le système de Wyse, adopté par la Compagnie Universelle avec le soutien de Lesseps, était celui d’un canal à niveau constant sans biefs et sans écluses. Ce projet se révéla rapidement beaucoup trop onéreux. Ferdinand de Lesseps admit trop tard la nécessité d’un remaniement. Les souscripteurs s’étant peu à peu découragés, la Compagnie fut dissoute en mai 1889. Dans le but de sauver l’entreprise, Bonaparte Wyse fut chargé de 1889-1891 par les liquidateurs de négocier une prorogation de la concession auprès du gouvernement colombien, et de mettre au point un nouveau projet comportant biefs et six écluses.

Ces documents sont le résultat des études menées par Wyse et les ingénieurs P.J. Sosa et E. Jacquemin sur le terrain au cours des années 1889-1891, venant à bout des principales difficultés. Wyse n’eut pas le bonheur de pouvoir mener à bien lui-même le grand projet qu’il avait rendu pratiquement viable mais ses efforts permirent de sauver ce qui était sauvable lors de la vente de l’entreprise aux Américains. Ces archives offrent de 1886 à 1891, années décisives pour l’élaboration du canal, le panorama détaillé de cette gigantesque entreprise qui malheureusement ne put être menée à bien par son génial promoteur. Il s’agit d’archives techniques constituées de nombreux plans, profils, coupes géologiques, avant-métrés, tableaux.

Ces documents ont été achetés par la Direction des Archives de France en vente publique à l’Hôtel Drouot le 21 juillet 2003. Il s’agit d’un dossier daté de 1879 à 1890 et composé de mémoires, de notes de correspondance sur la concession et les travaux en langues française, espagnole et anglaise.

En décembre 2007, la Direction des Archives de France a acheté pour les ANMT un ouvrage de Lucien Napoléon Bonaparte Wyse de 1886 sur le Canal de Panama à la Librairie des Carrés à Gennes (49).