Le code pénal créé par la loi du 25 septembre-6 octobre 1791 prescrit la mise en place dans chaque département de prisons spécifiques pour chaque catégorie de détenus :

- une maison d'arrêt auprès de chaque tribunal de district pour les prévenus attendant un jugement en correctionnelle ou de simple police.

- une maison de justice auprès du tribunal criminel départemental pour les accusés passant devant cette instance et attendant leur transfèrement après jugement.

- une maison de correction au chef-lieu du département pour les condamnés à une peine de 3 mois à un an ; une maison de correction dans chaque chef-lieu d'arrondissement pour les condamnés à moins de 3 mois de prison.

En réalité, les maisons d'arrêt, de justice et de correction sont souvent un seul et même établissement où sont réunis tous les détenus, hommes et femmes séparés.

Les incarcérations de plus d'un an doivent se faire en maison centrale ; aucun établissement de ce type n'a existé en Vendée.

Dès la fin de l'époque révolutionnaire, les appellations des juridictions comme les contours des circonscriptions judiciaires ont changé. Il n'y a plus de tribunaux de district, mais des tribunaux de police et de grande instance dont les ressorts sont respectivement le canton et l'arrondissement. Avec la loi du 28 avril 1810, le tribunal criminel devient cour criminelle puis cour d'assises et siège à partir d'août 1811 non plus à Fontenay-le-Comte mais à La Roche-sur-Yon, devenue chef-lieu. Elle s'y installe et la première séance a lieu en août 1811. La prison yonnaise jusqu'alors uniquement maison d'arrêt et de correction devient donc maison d'arrêt, de justice et de correction. On y trouve également une maison de sûreté pour les prisonniers de passage transférés d'une prison à une autre, et une maison de police municipale destinée aux individus prévenus de délits de simple police ou condamnés par les tribunaux de simple police.

La population carcérale comprend à partir des années 1860-1870, les détenus pour dettes, les mineurs délinquants et les passagers divers (militaires, marins, mendiants, vagabonds...).

Par décret impérial du 9 avril 1811, les maisons d'arrêts, de justice et de correction deviennent propriété du Département, ce dernier pourvoit donc à l'entretien des bâtiments.

Dans son rapport au Conseil des bâtiments civils, en date du 20 août 1812, le ministre de l'Intérieur mentionne l'existence de 2 prisons à Napoléon (La Roche-sur-Yon) :

- " L'ancienne prison consiste en 2 tours parallèles formant autrefois l'entrée d'un château auquel on a adossé postérieurement un logement de concierge, … elle peut contenir 40 individus et même 50 à 60, qui y sont renfermés sainement et sûrement à l'exception de ceux du rez-de-chaussée, où se trouvent deux cachots humides" (sur le cadastre primitif de 1809, elle figure section E, parcelle 306, près de la cité Travot).

- La nouvelle prison, construite en 1811 et qui remplace rapidement la précédente, " peut contenir aisément 50 individus et 80 au besoin". Elle est située devant la grande caserne sur la rue de la Préfecture et jouxte le tribunal, les 2 bâtiments communiquant entre eux par leurs cours ou préaux. L'architecte Mallet spécifie en [1829] qu'elle est établie sur un terrain de 50 x 50 m, que le bâtiment long de 40 m et large de 7 m est enveloppé d'un chemin de ronde intérieur de 3,60 m de large. Sur le cadastre napoléonien de 1842, elle figure section D1, parcelle 301 (actuellement Bureau de Poste, rue Jean Jaurès).

L'entretien de la prison représente une lourde charge financière pour l'administration départementale, et ce ne sera qu'une succession de travaux de réparations, d'améliorations et de projets de reconstruction tout au long du XIXe s.

Le 26 juillet 1907, le Conseil supérieur des prisons approuve le projet de construction à La Roche-sur-Yon d'une maison d'arrêt, de justice et de correction cellulaire mixte. Le 3 octobre suivant, l'Etat et le Département signent la convention qui fixe les charges et les obligations réciproques de chacun d'eux dans les travaux d'édification de la nouvelle prison établie selon les plans de l'architecte départemental, Georges Loquet. Le terrain prévu se situe à côté de l'hôpital départemental et fait un peu moins de 3 ha (le long de l'actuel boulevard d'Angleterre). Cette prison cellulaire préconisée par la loi Bérenger du 5 juin 1875, prônant l'emprisonnement individuel obligatoire pour les condamnés à moins d'un an, pourra accueillir 45 détenus (38 places pour les hommes, 7 pour les femmes). Les travaux effectués par le Département sont achevés en octobre 1909. La prison est alors remise à l'Etat et en devient sa propriété absolue (art. 2 de la convention du 3 octobre 1907). Le décret du 30 mars 1910 la reconnaît comme établissement affecté à l'emprisonnement individuel des détenus des deux sexes. Cette maison d'arrêt est toujours en fonction.

La maison d'arrêt de La Roche-sur-Yon accueille en mai 1934 les détenus de la prison des Sables-d'Olonne, du fait de sa suppression par décret du 28 avril 1934, et en recueille les archives (voir la sous-série 2 Y 3).