Les archives analysées dans le présent répertoire constitue le volet papier des documents récupérés par Jérôme Dupasquier dans l'appartement d'Emile Bocquillod, durant l'été 1999 (les photographies ont été détachées du fonds papier pour être intégrées sous la cote 66Fi). A l'origine, Emile Bocquillod avait envisagé un versement de documents aux Archives départementales de l'Ain et avait préparé plusieurs boites à cet effet. Toutefois, il n'a pas participé au versement en raison de son séjour en maison de retraite. La collecte des archives a été encadrée par sa sœur qui est entrée en contact avec Paul Cattin, alors directeur des Archives départementales. Malgré tout, quelques années avant son décès, Emile Bocquillod, lors d'un dernier passage aux Archives départementales, a pu constater la bonne conservation des documents collectés après le cambriolage.

Concernant le plan de classement, une première séparation a été opérée entre les archives produites et les archives collectées par Emile Bocquillod. Parmi les archives produites, on trouve quelques dossiers d'archives personnelles ou touchant son activité professionnelle. Même si cet ensemble ne constitue pas la majeure partie des documents, on notera au passage la présence du journal de bord d'Emile Bocquillod concernant son séjour en Allemagne, dans le cadre du STO. Ce document, où l'on retrouve malgré son jeune âge, le style journalistique de l'auteur, parfois décalé, froid ou teinté d'humour noire, ne manquera pas de susciter l'intérêt de l'historien de la seconde guerre mondiale.

Les dossiers les plus volumineux concernent les recherches historiques, entreprises entre 1954 et 2003, constitués pour l'essentiel de photocopies et de quelques originaux. Ces recherches s'orientent essentiellement vers l'histoire du Revermont et les Montréal de France. Seul un lot de photocopies, dont les originaux se trouvent dans le fonds de la Société d'émulation, a été éliminé. Pour le reste, l'ensemble a été conservé car il n'a pas été possible de localiser les originaux. A première vue, la plupart de ces copies ne proviennent pas de dépôts publics mais de documents privés, réalisées au gré des investigations de l'historien.

Les archives collectées constituent la seconde partie du fonds. On ne sait malheureusement pas comment Emile Bocquillod s'en est rendu acquéreur et si celles-ci représentaient à l'origine plusieurs fonds. Les pièces étaient conservées en vrac, sans ordre précis et sans aucune trace de classement antérieur. Faute de mieux, le choix s'est porté sur un classement géographique par départements, puis par cantons ou communes. Il aurait été possible de détacher certains dossiers afin de les transmettre aux Archives départementales voisines. Toutefois, une majorité de ces archives touche un périmètre réduit réparti sur une partie du Revermont et de la Bresse, sur un axe allant de Treffort-Cuisiat au sud, jusqu'à Saint-Amour et Cuiseaux, au nord. Si l'on se penche sur certaines pièces, on se rend compte que les lignages seigneuriaux, comme ceux des laboureurs, n'évoluaient pas suivant les frontières administratives que nous connaissons aujourd'hui, d'où la présence de dossiers transversaux touchant plusieurs départements. En outre, l'idée de scinder ce fonds serait allé à l'encontre de la démarche intellectuelle engagée par Emile Bocquillod, qui travaillait avant tout sur le territoire de ses ancêtres, sans se soucier des limites administratives. Dans ces conditions, il a paru plus simple, en vue de futures recherches, et plus respectueux vis-à-vis du producteur, de laisser ces archives dans leur unité. Les documents conservés touchant les secteurs bressans et comtois sont essentiellement des actes notariés et des pièces de procédures de l'Ancien-Régime, de 1503 à 1792.

En dehors de cette zone géographique privilégiée par Emile Bocquillod, subsistent plusieurs dossiers touchant les secteurs du Mâconnais et du Clunisois, au travers des archives des familles Durut et Renaud, pour la période de l'an II à 1912. A première vue, il n'existe pas de lien entre ces familles et la zone étudiée par l'historien. Seul un document atteste qu'un membre de la famille Renaud était installé à Villemotier en 1912. On peut donc supposer qu'Emile Bocquillod ait récupéré ces archives dans cette commune mais faute de preuves probantes, l'énigme reste entière. Enfin, la conservation d'une dizaine de pièces isolées touchant les départements du Doubs, du Rhône, de Saône-et-Loire et du Puy-de-Dôme reste tout aussi énigmatique.