Longtemps traitées par un bureau spécial de la direction ou du sous-secrétariat des Colonies, les affaires économiques furent, au lendemain de la création du ministère, réunies aux affaires administratives et traitées conjointement au sein de services géographiques. Le décret du 20 février 1896 sépara les affaires économiques des affaires politiques (exception faite pour Madagascar), mais on revint peu après (décret du 25 mai 1896) à une gestion de l'ensemble des affaires dans des services géographiques : service de l'Indochine, service de l'Océan indien, service de l'Afrique occidentale et équatoriale, service de l'Amérique et de l'Océanie.Cette organisation fut maintenue jusqu'à la loi du 31 juillet 1920 qui créa une direction économique. Elle prit en 1935 le nom de direction des Affaires économiques. De 1935 à 1943, le service météorologique lui fut rattaché.Les décrets de 1943 et 1948 modifièrent la structure de cette direction. Lui furent rajoutés en 1943 le contrôle des finances locales détaché de la direction des Affaires politiques et en 1948 la sous-direction du Plan, créée d’abord comme direction du Plan en 1945.Ses attributions relèvent de quatre pôles d'activité : la mise en valeur de l'empire colonial, les affaires commerciales et industrielles, la banque, la préparation de la Défense nationale.