Les papiers de la sous-série 2 R proviennent uniquement de la préfecture et, plus précisément, de son bureau des affaires militaires. Ils traitent de l'organisation générale de l'armée d'un point de vue civil.

Une partie est consacrée aux bâtiments militaires, essentiellement les casernes. Il s'agit avant tout de travaux de construction et d'agrandissement. Pour les garnisons de Fontenay-le-Comte, de La Roche-sur-Yon et de Luçon, des terrains sont également acquis pour l'établissement de champs de maoeuvre et de tir sur le territoire des communes du département.
Les dossiers sur les subsistances militaires occupent très peu de place. Ils concernent surtout les relations entre la préfecture et l'Intendance militaire (service préposé à l'organisation de l'armée).
Les mouvements de troupes entraînent leur logement en dehors des casernes, chez l'habitant le plus souvent. Les ressources des communes pour le cantonnement des troupes sont alors recensées, des réquisitions ont lieu, et des indemnités sont versées aux habitants.
La préfecture travaille aussi avec les services de l'armée chargés de fournir des chevaux : la remonte. On trouvera ainsi des recensements, réquisitions, dons et achats de chevaux nécessaires aux besoins de l'armée. Le dépôt de remonte de Fontenay-le-Comte fait, par ailleurs, l'objet d'un dossier sur la construction d'une nouvelle écurie.
Le bureau des affaires militaires prend également en charge les sociétés colombophiles et les propriétaires de pigeons voyageurs. Les recensements et les lâchers d'entraînement des pigeons voyageurs témoignent d'une activité alors développée, en Vendée, sous la Troisième République.

La santé et l'assistance militaire sont une partie peu volumineuse de la sous-série 2 R ; les allocations versées aux familles de militaires en constituent l'essentiel.
Enfin, des dossiers donnent le signalement des déserteurs et des insoumis.