Les colonies pénitentiaires de Guyane et de Nouvelle-Calédonie furent administrées par le ministère de la Marine et des Colonies sous ses différentes appellations, en étroite liaison avec les ministères de la Justice et de l'Intérieur. C'est grâce à cette permanence de l'attribution administrative que les archives des bagnes sont aujourd'hui complètes et réunies.Toutefois le récolement de ces archives se fit en plusieurs étapes : Un premier versement fut effectué en 1901 au ministère des Colonies qui, faute de place, transféra les 843 articles aux Archives nationales en 1928. Un second versement, beaucoup plus important (2663 articles) fut opéré en 1947-1948, soit dix ans après la fin des convois en Guyane. À cet ensemble furent adjoints une trentaine de cartons, demeurés au ministère de la Justice, et versés aux Archives nationales, dans les années 1970. Mais ces archives s'arrêtaient aux premières années du XXe siècle.La suite du fonds était entreposée depuis 1969 dans les greniers de la maison d'arrêt de Saint-Martin-de-Ré : c'était là en effet que les navires qui avaient assuré l'évacuation des pénitenciers de Guyane avaient débarqué les 2000 articles concernant le XXe siècle. Plusieurs voyages à travers l'Atlantique avaient été nécessaires pour le transfert de tous ces dossiers : en 1951, furent déposées à Saint-Martin-de-Ré 197 caisses de déménagement contenant les dossiers des condamnés, les registres matricules à partir de 1884, et le fichier général des bagnards ; en 1953, la Nina déposa à son tour 22 caisses de registres de personnels, de comptes et de pécules, d'états de matériel et mouvements d'entrée et sortie, de successions vacantes ; en 1969 enfin, ce fut la liquidation définitive, avec l'arrivée de vingt énormes caisses en bois contenant fiches mensurées et anthropométriques, liasses provenant du tribunal maritime spécial, registres de correspondances et de dépêches ministérielles, d'achats de vivres et de matériels, dossiers des derniers relégués et transportés. C'en était donc bien fini du bagne de Guyane. Et pourtant, lors du classement des archives du tribunal maritime spécial par des détenus de Fleury-Mérogis, on découvrit encore, perdus dans des salles de cette prison modèle, des doubles des registres matricules des bagnards ! Cette masse de 2000 articles fut transportée en 1986 de Saint-Martin-de-Ré à Paris, restaurée, classée, répertoriée et provisoirement entreposée au Centre des archives contemporaines de Fontainebleau, avant d'être définitivement installée aux Archives nationales d'outre-mer, à Aix-en-Provence.En 1993, un ensemble de documents (COL H 5127-5357) a été retrouvé à Saint-Martin de Ré. Il s'agit de dossiers dispersés qui couvrent l'entière période du bagne, depuis 1852 jusqu'à sa fermeture, et portent essentiellement sur la Guyane. Ces documents viennent ainsi étoffer le fonds déjà classé, notamment en ce qui concerne les femmes bagnardes, les surveillants, les relations avec les autres pays d'Amérique latine à propos des évasions, le rapatriement des forçats lors des la fermeture du bagne à partir de 1947. Mais ils apportent également des informations qui faisaient défaut jusqu'alors, notamment certaines données économiques, par le biais des grands livres. Sur une trentaine de mètres linéaires, 24 ont été conservés.En 2008, les documents que conservait le Musée des prisons, à Fontainebleau, ont été remis au ministère de la Justice. Parmi ceux-ci, les archives provenant de l'administration pénitentiaire coloniale ont alors été reversées aux Archives nationales d'outre-mer (COL H 5358-5372).