Pendant la Seconde guerre mondiale, les établissements de l'Assistance publique ont été réquisitionnés tour à tour par l'armée française pendant la première année de guerre jusqu'à l'armistice, puis par les autorités allemandes d'occupation, et enfin par les forces alliées après le débarquement de juin 1944 ou de nouveau par les autorités françaises. Les réquisitions visent aussi bien les grands hôpitaux parisiens que les hôpitaux maritimes de province à Berck, Hendaye et Hyères (San Salvadour). En répercussion, l'Assistance publique se voit contrainte à son tour de réquisitionner des cliniques privées afin de compenser le manque de lits dû à la perte de ses hôpitaux. Ainsi, à partir de 1941,  elle gère des hôpitaux de remplacement dits aussi hôpitaux temporaires.
La gestion des « affaires de réquisitions » est faite par le Secrétariat général qui décide, dès 1939, de la création d'une « commission des réquisitions ». Celle-ci se réunit de manière régulière dans les premières années de la guerre, avec une interruption après l'armistice, pour reprendre ses travaux en 1942. La commission des réquisitions, et de manière plus large, le Secrétariat général, sont donc chargés d'organiser et de surveiller les procédures de réquisition, tout en gérant les dépenses et les remboursements afférents. Le recouvrement des frais liés aux réquisitions se prolonge parfois longtemps après la guerre. En effet, certains litiges et règlements de dommages ne se résolvent qu'après 1955. Ce versement illustre ainsi une réalité méconnue de l'histoire de l'Assistance publique pendant la 2e Guerre mondiale.