Au début du règne personnel de Louis XIV, les colonies étaient encore peu nombreuses. Aussi le faible volume de la correspondance administrative ne justifiait-il pas un classement rigoureux. Dans les premiers registres, les destinations sont amalgamées (Indes orientales, Antilles et Canada) et les documents enregistrés dans un ordre approximativement chronologique. Une erreur de classement a certainement fait enregistrer dans B 10, f° 40, une ordonnance de 1683 sur les subsistances que les capitaines marchands doivent fournir à leurs équipages. A partir de B 7, toutes les affaires relatives aux Mascareignes et aux Indes orientales disparaissent.Dès le volume B 8, un classement méthodique est entrepris, ce registre ne concernant que le Canada et B9 les Antilles. Ce n'est toutefois qu'à partir de B 12 (1686), dans lequel la correspondance vers les Antilles et le Canada est clairement séparée, que l'ordre s'établit définitivement. De B 14 à B 31 (1688 à 1709), chaque registre contient, pour deux ou trois années consécutives, le courrier à destination soit du Canada, soit des Antilles. A partir de B 25 (1704), la diversification est nette pour les colonies d'Amérique septentrionale : les lettres pour le Canada, l'Acadie, Terre-Neuve et la Louisiane sont regroupées, comme celles des Iles du Vent, Saint-Domingue et Cayenne pour les Antilles à partir de B 35 (1713) . Enfin, à partir de B 32 (1710), la méthode de classement change et chaque registre contient désormais les dépêches destinées à toutes les colonies pendant une seule année.Le registre B 30 tranche par sa composition anormale. En ces années de grande crise financière et de faiblesse navale (1708-1709), le roi n'arme aucun navire pour le Canada. Seules quelques lettres envoyées par les navires marchands ont donc été enregistrées. L'essentiel des pièces conservées est adressé aux intendants et commissaire des ports ou à divers personnages résidant en France et s'occupant des affaires canadiennes. Dans ce registre réapparaissent quelques ordres pour les Indes orientales. Des erreurs d'enregistrement ont été commises : ainsi une lettre à M. de Meneval, gouverneur d'Acadie du 1er mai 1689 est-elle égarée dans le B 14 qui ne concerne que les Antilles et quelques documents sur la Louisiane perdus au milieu des affaires de Terre-Neuve dans le B 23 Cet ordre n'est pas rigoureux. Le plus ancien document, enregistré des lettres de noblesse pour Pierre Philippe de Marigny (décembre 1654) se trouve dans le volume B 3 au milieu de la correspondance de 1871. . Une lettre à M. Deshaguais sur les pelleteries a été insérée dans un registre des Iles d'Amérique F° 187 v° et sq. , alors qu'au contraire le B 30 (Canada) contient plusieurs dépêches relatives aux affaires de la Compagnie de l'Assiento. Les lettres à Bégon, intendant de Rochefort, enregistrées avec la correspondance du Canada, contiennent quelquefois un paragraphe sur les Iles ou vice-versa Voir par exemple la lettre du 9 mars 1701, B 22, f° 164 v°. .Des originaux ont été parfois été insérés près de leur copie, avec lesquelles ils font double emploi C'est le cas d'une lettre du roi au comte de Blénac du 24 avril 1679 copiée dans B 9 f° 23 alore que l'original constitue le f° 43. . Très rarement, l'analyse d'une pièce envoyée lui a été associée Voir lettre du roi à Patoulet, intendant des Iles, 2 juin 1680, B 9 f° 98. .Les pièces jointes ont, de temps en temps, été enregistrées à la suite mais ce n'est malheureusement pas la règle générale.