La commune de Fontès domine la vallée de la Boyne au pied du volcan du Céressou. Avec le village, Fontès possède aussi un hameau excentré composé de plusieurs lieux-dits : le Coudenas, les Resclauzes, l'Estang.

Le site de Fontès remonte à l'époque romaine. Des fouilles archéologiques ont mis au jour l'emplacement d'une ancienne garnison romaine sur le site du Céressou. L'existence de la seigneurie de Fontès est attestée en 1080 par un acte de donation. L'implantation d'un château dès avant 1080 provoque peu à peu une réorganisation du village auprès de la fortification médiévale. Le village devient donc une place fortifiée. Au début du XIIIe siècle, Aymeri III, vicomte de Narbonne, possède Fontès en alleu. En 1212, il cède ses droits à Arnaud Amaury, légat de la croisade contre les Albigeois, devenu archevêque de Narbonne. Dans les années qui suivent, Simon de Montfort et Arnaud Amaury se disputent la possession de Fontès. L'affaire est portée devant le tribunal pontifical en 1217. A la fin du XIIIe siècle, la seigneurie de Fontès passe aux mains de Guillaume Ier de Lodève. La famille détient la baronnie de Lodève jusqu'au mariage de Souveraine de Lodève, dame de Fontès, avec Arnaud de Vissec de Latude en 1525. À la période de la Renaissance, le château est transformé. L'église dite « église Saint-Hyppolite » et la chapelle nommée « chapelle des Pénitents » sont construites au VIe siècle. Cette dernière a servi pendant plusieurs siècles, à la fois de lieu de culte et de réunion des consuls. Au XIIIe siècle, une nouvelle église est construite à l'extérieur des remparts. Elle prend le nom d'église Saint-Hippolyte tandis que l'ancienne devient l'église Saint-Jean. Cette nouvelle église a pour but de permettre l'accueil des populations environnantes se réfugiant à Fontès. À partir du XVIe siècle, la chapelle des Pénitents est désaffectée et ne ser plus que pour la réunion des consuls et ce jusqu'à la Révolution.

À partir de la Révolution, le conseil municipal est transféré, tout comme le presbytère, à l'ancien Hospital. Cet hôpital était situé à l'emplacement actuel du monument aux morts et de la médiathèque communale. Une ruelle garde encore la marque de l'Hospital : la rue de l'Hospitalet. Dans cette rue existait à 30 mètres de l'hôpital une prison communale. De 1895 à 1906 sont engagés de lourds travaux d'urbanisme par la municipalité d'Adrien Ferret. L'hôpital est démoli, la rue du Presbytère, qui permettait d'accéder au centre ville, laisse place au boulevard de la République. Les "quais" qui permettaient les livraisons de marchandises dans le centre-ville sont démolis. Une nouvelle mairie est construite sur la place du village. Elle est inaugurée en 1903. La mairie accueille aussi les PTT qui seront déplacés plus tard à côté du monument aux morts. En 1897 est construite l'école des garçons, esplanade du château ; et en 1903 l'école des filles boulevard Jules Ferry. Il ne reste que l'école des filles encore en service : l'école des garçons sert de maison de la culture. A leur construction, ces écoles républicaines rentrent en concurrence avec l'école religieuse rue du Couvent qui fermera en 1905 et qui rentrera dans le patrimoine communal. Elle rouvrira à partir des années 1990.

La vie économique de la commune étant essentiellement liée à la viticulture, une coopérative viticole est créée boulevard Jules Ferry, face à l'école des filles, en 1934. Trop petite, une deuxième coopérative viticole est construite de l'autre côté du boulevard Jules Ferry. Elle fonctionne encore aujourd'hui et regroupe les coopérateurs de Fontès et de Nizas.

Le 4 mars 1939, la commune de Fontès perd une parcelle de son territoire qui est rattachée à la commune de Péret.