L'histoire des inventaires est complexe. Pendant toute la période moderne, les textes évoquent surtout le désordre qui règne dans les archives, désordre que les multiples sièges et invasions étrangères n'arrangeaient guère, alors qu'il ne pouvait que nuire aux intérêts de la Ville. Aussi arrivait-il périodiquement que le conseil communal, à l'occasion de la recherche de pièces judiciaires ou administratives, prît des mesures pour y mettre de l'ordre, et notamment obtenir la restitution des documents empruntés. Ainsi au début du XVIIIe siècle, mesure qui aboutit à la réalisation du premier inventaire des archives de Nice qui nous soit parvenu et qui date de 1710. Par la suite, les réformes administratives du royaume de Sardaigne – notamment le règlement du 6 juin 1775 – ne semblent pas avoir eu d'effet sur le classement des archives de Nice. Ce peu de souci mis à ordonner les archives, joint aux troubles provoqués par les occupations successives et les changements de domination, ainsi qu'à l'habitude des magistrats niçois de conserver chez eux les papiers afférents à leur charge, ont entraîné certaines lacunes : notamment la correspondance de la série BB, absente a près 1728, les registres des délibérations avant 1580, les pièces comptables de la série CC après 1775, ou certains documents de la série AA qui présente un ensemble très épars.

Plus tard, à l'entrée des Français en septembre 1792, les archives communales, toujours conservées dans une pièce de l'Hôtel de Ville, ne subirent aucun dommage – à la différence des archives de l'Intendance, qui furent presque entièrement saccagées – peut-être parce que la porte ne put en être ouverte : la pièce des archives était en effet fermée par deux clefs, dont l'une était confiée au Premier Consul qui était alors absent. Pendant la Révolution et l'Empire, les opérations militaires proches (au moins jusqu'en 1800) ne favorisèrent pas le classement des archives. Toutefois le Conseil de Ville, en 1796, ordonna l'ouverture de la salle, et la confection d'un inventaire, qui fut en effet réalisé et constitue la première tentative – incomplète – d'inventaire en français.

En 1812, la réponse du secrétaire de Mairie à une enquête du Préfet sur l'état des archives laissait cependant apparaître que les papiers étaient dans le plus grand désordre, et que l'arrêté préfectoral prescrivant l'inventaire des archives des communes et leur classement en sept parties n'était nullement appliqué.

En 1814, Nice retrouva le régime des Etats de Savoie. Un inventaire détaillé (chronologique et méthodique) des archives en deux volumes fut réalisé vers 1834, sans doute à la suite de la parution du Manuale teorico-pratico del sindaco di communità, lequel prescrivait le récolement des archives communales. Mais le cadre de classement prescrit par l'Istruzione reale de 1838 demeura lettre morte.

Dans les archives de Nice devenue française, un travail fut entrepris à partir de 1865 pour appliquer au fonds la circulaire française du 16 juin 1842, portant « instructions relatives à la conservation et à la mise en ordre des archives des communes », et surtout celle du 25 août 1857 portant « instructions pour le classement et l'inventaire sommaire des archives communales antérieures à 1790 », complétée par la circulaire du 20 novembre 1879. Vaste travail, qui exigeait de scinder les liasses, de traduire les instruments de recherche de l'italien au français, de changer d'ailleurs les modes de conservation – car les liasses étaient, à la manière sarde, posées à plat dans des casiers et numérotées – qui ne fut achevé qu'en 1891.

Enfin, le travail d'inventaire le plus remarquable fut réalisé à la suite de l'arrêté interministériel du 31 décembre 1926 « portant règlement des archives communales », dans les années 1930-1960, et aboutit à la rédaction d'inventaires dactylographiés, extrêmement fouillés (au point de représenter des centaines de pages parfois touffues) lesquels furent à la base de la présente publication. Ils ont toutefois été révisés assez largement, dans un souci de les mettre totalement en conformité avec les directives ministérielles– tâche délicate dans la mesure où plusieurs réalités administratives, juridiques ou financières ne correspondaient pas avec celles qui avaient inspiré les cadres de classement français – de corriger les incohérences de classement, d'affiner, d'épurer les analyses, de normaliser et de réduire le degré de description – enfin de les rendre plus accessibles et aussi attrayants que possible pour le public. Le cadre de classement adopté est donc en conformité avec celui que préconise l'arrêté interministériel du 31 décembre 1926,qui demeure le principal texte régissant les archives antérieures à la Révolution française, ces « séries anciennes » qui font l'objet du présent inventaire. Cependant « des dérogations à l'application stricte du cadre de classement », prévoyait l'article 32 de l'arrêté, pouvaient être accordées dans le cas d' « Archives de grandes villes ayant eu une constitution et une organisation très différentes de celles de la généralité des autres cités ».C'était le cas de la Ville de Nice, demeurée étrangère à la nation française pendant les siècles de sa constitution. Ainsi les séries anciennes ne s'arrêtent-elles pas en 1790 comme dans les autres communes françaises – année qui pour Nice n'est guère significative – mais en1792. En septembre de cette année-là, en effet, les troupes françaises, conduites par le général d'Anselme, envahirent la ville abandonnée par les troupes sardes, mettant fin à l'Ancien Régime des rois de Sardaigne, avant que fût proclamée, en janvier 1793, l'annexion du comté de Nice à la jeune République française, annexion reconnue par le roi Victor-Amédée III au traité de Paris du 15 mai 1796.