Les dossiers confiés au Fichier Central sont généralement l'objet d'une mise à jour au fur et à mesure que des pièces neuves viennent les enrichir. Il en résulte que dans chaque dossier de la collection "Panthéon" les pièces les plus récentes étaient classées en début de liasse tandis que les anciennes se retrouvaient à la fin. On a donc rétabli matériellement l'ordre nécessaire à la lecture des dossiers. Cela mis à part, on a respecté le classement adopté par le service versant : c'est ainsi que demeurent séparés, pour chaque dossier de personne ou d'affaire, les rapports de police d'une part et les coupures de presse d'autre part. On a maintenu cependant le groupement en un seul sous-dossier des rapports et coupures relatifs à telle ou telle affaire ayant marqué particulièrement la carrière des personnalités concernées. En cas d'affaire politico-judiciaire, des sous-dossiers individuels renferment les rapports signés par des policiers spécialement chargés de l'enquête : ces sous-dossiers ont été classés dans l'ordre alphabétique des noms des officiers de police intéressés. D'autres dossiers d'affaires judiciaires contiennent des sous-dossiers numérotés concernant des personnes témoins ou inculpées ou encore des organisations suspectes. Le rétablissement de l'ordre numérique généralement perturbé y laisse apparaître d'assez nombreuses lacunes.

Il n'a été procédé à aucune élimination dans la collection "Panthéon" si l'on met à part les pièces en surnombre. On a néanmoins gardé deux exemplaires de certains documents apparemment fragiles.