Initialement de la compétence des Eaux et Forêts puis, suite au décret 29 avril 1862 ,de l'administration des Ponts et Chaussées, le suivi et contrôle de la pêche fluviale sur les cours d'eau navigables et flottables non canalisés est devenu, par décret du 7 novembre 1896, compétence du ministère de l'Agriculture. En 1965, à l'occasion de la réorganisation des services de l'État dans les départements, sont créées les Directions départementales de l'agriculture. Elles intègrent les missions du Génie rural, de la Direction des services agricoles et des services des eaux et forêts, dont la pêche en eau douce. Leur nom est ensuite modifié en « Direction départementale de l'agriculture et de la forêt » (DDAF). La révision générale des politiques publiques mise en oeuvre à partir de 2006 engendre, en Saône-et-Loire, la fusion de la DDAF et de la Direction départementale de l'équipement (DDE) pour créer, au 1er janvier 2010, la Direction départementale des territoires de Saône-et-Loire (DDT). Cette nouvelle direction départementale assure, pour le compte du ministère en charge de l'écologie et sous l'autorité du préfet, le suivi et la mise en œuvre des politiques publiques relatives à la pêche. Les compétences pour le département de Saône-et-Loire sont réparties entre la DDT de la Nièvre (Loire, canal de Roanne à Digoin, et canal latéral à la Loire) et la DDT de Saône-et-Loire (ensemble des autres cours d'eau et plans d'eau du département).