Jusqu'en 1594, date où pour la première fois il est fait mention des Jésuites, les renseignements sur le collège, qui végétait, sont assez incertains. En 1597, les gouverneurs et les notables signent un traité avec les Jésuites, qui dirigèrent le collège de 1597 à 1765. En 1629, mourut à Rome Ant.-Fr. Gauthiot d'Ancier. Après 1629, ils héritent, non sans d'interminables procès, de ses biens. Cette succession leur permet, suivant le vœu du testateur, d'élever l'église Saint-François, 1688, et de rebâtir le collège (1718-1739). Les papiers relatifs à la succession Gauthiot sont très nombreux. En 1765, après l'expulsion de la compagnie de Jésus, le Parlement décide que les collèges établis dans les villes de Besançon, Dole, Gray et Vesoul seront agrégés au séminaire de Besançon et desservis par des ecclésiastiques logés et vivant en communion sous l'autorité spirituelle du diocésain. Le bureau qui l'administrait était composé de l'Archevêque, du Premier Président, du Procureur général, du Maire, du Premier échevin et du Principal. Un pensionnat, dont nous conservons la comptabilité, y fut établi dès 1774 (voir plus loin : délibérations du bureau, 1765-1792). Après 1791, un corps laïc de professeurs fut choisi jusqu'à la constitution de l'Ecole centrale.

Archives départementales du Doubs