L’IHTP a succédé au Comité d’histoire de la Deuxième Guerre mondiale (CHDGM), créé en 1951, qui était lui-même issu de la fusion de la Commission d’histoire de l’Occupation et de la Libération de la France (CHOLF), fondée en 1944, et du Comité d’histoire de la guerre, institué en 1945. L'une des missions du CHDGM était de recueillir et de préserver des fonds documentaires de la période 1939-1945, de nature publique et privée, française, allemande ou autre. En 1980, le secrétariat général du gouvernement prenait la décision de disjoindre l’héritage proprement scientifique du Comité de son patrimoine documentaire. Le premier était dévolu à l’IHTP, une nouvelle unité propre de recherche du CNRS, UPR 301, tandis que le second était réparti entre plusieurs institutions. C’est ainsi que les archives proprement dites ont été versées aux Archives nationales (série 72 AJ), à la suite de la promulgation de la loi du 3 janvier 1979 sur l’organisation des archives publiques. Une partie des originaux de la presse clandestine et des tracts de la Résistance ont rejoint la Bibliothèque nationale afin de compléter ses fonds et constituer des collections cohérentes. Enfin, la photothèque a été versée au secrétariat d’État aux anciens combattants et se trouve aujourd’hui au Service historique de la défense à Vincennes. Pour sa part, l’IHTP a conservé les ouvrages et les collections de périodiques.

La dissolution du CHDGM et la dévolution de ses archives n’ont toutefois pas mis un terme à la mission patrimoniale qui était la sienne, que l’IHTP a pour partie reprise à son compte en raison de la conjonction de deux facteurs. En premier lieu, en accord avec les Archives nationales, l’IHTP a pu conserver des doubles de presque tous les documents et témoignages recueillis par le CHDGM sur les mouvements et réseaux de résistance, et plus généralement sur l’Occupation. Le motif en était que plusieurs enquêtes du comité n’étaient pas terminées, et que l’IHTP, même si sa mission officielle était de travailler en priorité sur l’après-guerre, allait continuer de mener des investigations approfondies sur la période 1939-1945. C’est d’autant plus vrai que l’anamnèse en cours sur la période de l’Occupation allait très vite dynamiser les recherches sur cette question et faire de l’IHTP un des lieux actifs du renouvellement historiographique opéré de la fin des années 80 au début des années 2000.

En second lieu, la tradition de dépôt de fonds privés qui avait nourri le centre de documentation du CHDGM s’est maintenue avec l’IHTP. De nombreux acteurs de la dernière guerre, célèbres ou anonymes, ont tenu à y déposer leurs papiers personnels, conférant à l’IHTP une place reconnue parmi les centres d’archives contemporaines. Cette fonction, ne s’est d’ailleurs pas limitée aux seuls documents de la période 1939-1945, mais s’est appliquée également à ceux de périodes plus récentes, en liaison directe avec les activités et les thématiques de recherche du laboratoire. Ce lien entre recueil de fonds privés et activités de recherche est l’autre élément essentiel pour comprendre l’originalité des fonds de l’IHTP, dont la nature disparate résulte d’une collecte aléatoire et non d’une recherche systématique, ce qui n’est pas dans sa vocation, ni dans ses moyens. C’est ainsi que la motivation première des déposants a été très souvent l’idée que les fonds conservés dans une institution de recherche et non dans une institution à seule vocation patrimoniale seraient plus vite exploités par les chercheurs, une intuition qui s’est avérée entièrement. Au 1er janvier 2016, l’IHTP est devenu une Unité Mixte de Recherche, UMR 8244, associant le CNRS et l’université Paris 8. En septembre 2019, l’IHTP a rejoint le Campus Condorcet à Aubervilliers, les collections de la bibliothèque de l’IHTP, monographies, périodiques et archives, ont alors été mutualisées et sont désormais accessibles dans le cadre du Grand équipement documentaire du Campus Condorcet.